Основана в Великой Ложе Франции, членами Ложи «Золотое Руно», после её раскола. Инсталлирована 16.11.1926.
После окончания Второй мировой войны возобновила работы 10.03.1945. В 1962 проводила совместные собрания с Ложей «Лотос», в 1963 — с «Астреей». В 1968 году объединила свой офицерский состав с «Астреей».
В современной России создана 19 ноября 1997, первоначально как межрегиональная Ложа в Великой Ложе России, в реестре которой была под № 7. Регулярные работы начала весной 1998 года. Первым Досточтимым Мастером Ложи был Александр Савельев.
Весной 2001 года, во время первого раскола в ВЛР, вышла из неё в полном составе. 24.06.2001 выступила в качестве учредительницы Русской Великой Регулярной Ложи.
11 октября 2008, на своей первой Ассамблее, была сформирована Объединённая Великая Ложа России, куда и вошла ложа «Юпитер» под № 7. После обретения преемственности на все русские Ложи находившиеся под юрисдикцией Великой Ложи Франции с 1921 по 1991 годы, Ложа «Юпитер» получила новый порядковый номер 5.
В 2023 году братьями Ложи было решено перенести место собраний Ложи на историческую территорию, а именно на Восток города Краснодара и ввиду малочисленности Мастеров в этом регионе изменить тип Ложи на Треугольник.